棉花整个生育期均可发病，苗期、蕾期受害重。不同部位染病，症状不同。
子叶、真叶:染病初生边缘紫红色、中间灰白色小圆斑，后病斑扩展或融合成不规则形病斑。病斑中央有的出现同心轮纹，其上散生黑色小粒点，即病原菌的分生孢子器。病部常破碎散落，湿度大时，幼嫩叶片出现水浸状病斑，后扩展迅速似开水烫过，萎蔫变黑，严重的干枯脱落，变为光秆而枯死。
叶柄、茎部:染病病斑中央浅褐色，四周紫红色，略凹陷，表面散生小黑点，严重的茎枝枯折或死亡。
棉铃:染病病斑与茎上症状相似。中间颜色较深，黑色。湿度大时病斑扩散迅速，致棉铃成为僵瓣，铃开裂不全或不开裂。
病原特征棉壳二孢菌(Ascochyta gossypii Syd.)，属半知菌亚门真菌。 分生孢子器初埋生在棉株表皮组织下，成熟后露出在表皮上。孢子器球形，黄褐色，顶部具略突的圆形孔口，壁较薄易碎，大小82.8~210×75~189(μm)，内生很多分生孢子。分生孢子卵圆形，单胞或双胞，无色，大小4.5~7.3×3.5~3.8(μm)。病菌生长适温为25℃。
传播途径病菌以菌丝体或分生孢子在棉花种子内外或随病残体在土壤或粪肥中越冬，翌春侵染棉苗，且在病部产生分生孢子器，释放出分生孢子借风雨、蚜虫传播，进行再侵染。
