杭州医学院浙江省立女子产科学校创建于 1925 年。鸦片战争后，英帝国势力渗入杭州，于 1881 年在杭州创建广济医药专门学校(广济医专)。
1925 年"五卅"惨案后，部分爱国的广济医专师生于本市刀茅巷脱离广济医专另立门户，后成浙江省立女子产科学校，郑企因任校长，这是学校之雏形。
抗日战争爆发后，杭州危急，学校于 1937 年 11 月迁至永嘉。
1938 年 8 月又迁至临海，后又至天台。一路颠沛流离，历经艰辛，但学校依旧顽强地生存着， 1946 年春学校回迁杭州，时设助产、护士、药剂、卫生四个专业。
自 1925 年建校至 1949 年建国的 24 年中，虽时局多变，但师生员工不畏艰难，坚持办学，先后培养毕业生 993 名，在省内外颇有影响。
1952 年下半年，学校更名为浙江省杭州卫生学校，学科设置发生了很大变动，助产科与护士科划出。
1956 年，学校迁至老浙大校址办学。
1960 年 9 月成立杭州医学院，中国科学院院长郭沫若为院牌题词。招收医疗系、卫生系、中医系及药专等新生，中专调整为药剂、检验、放射、卫生等四个专业。
1962 年学校改为杭州卫生学校，不久卫生部把学校列为全国 8 所重点联系学校之一。后因文革停办( 1971 至 1974 )， 1974 年 10 月复校后改名为浙江省卫生学校。
1981 年 8 月省政府决定浙江省卫生学校、浙江省卫生干部进修学校合二为一，承担中专、干训任务。
1993 年通过办学水平评估，被省政府列为省部级重点学校。
1999 年 12 月起经省政府批准独立筹建浙江医学职业技术学院。
学校于 2002 年 9 月喜迁滨江高教园区。
2002年浙江医学职业技术学院定名为浙江医学高等专科学校。
2002年省政府办公厅向教育部申请批准浙江医学高等专科学校建校。
2004年5月，经教育部批准，学校正式建立浙江医学高等专科学校
2012年11月，入选卓越医生教育培养计划。
2016年3月，经教育部批准，升格更名为杭州医学院。
2017年，杭州医学院临安校区将启动招生，计划招收新生2000人，临安校区占地面积500亩，专科和本科专业都有招生。
2017年12月，浙江省发挥人才、技术、资金等方面的优势，安排杭州医学院等援建塔里木大学医学院。
办学条件院系设置
截至2018年6月，现设有本科专业12个，专科专业12个。
临床医学系临床医学专业
口腔医学专业
康复治疗技术专业
临床医学专业(定向培养农村社区医生)
医学影像系和检验系医学检验技术专业
医学影像技术专业
卫生检验与检疫技术专业
公共卫生系卫生监督专业
卫生信息管理专业
药学系药学专业护理系护理专业 学术研究研究成果
据2015年官网，学校有厅局级以上科研项目290余项，其中国家自然基金项目7项，省部级科研项目40余项;获省科学技术奖1项，厅局级科研成果18项;有浙江省医学重点建设学科(扶植)1个;公开发表论文1400余篇，其中一级期刊340余篇，SCI收录61篇;获得1项国家发明专利，15项国家实用新型专利，1项计算机软件著作登记，3项著作权登记。建成理化分析、细胞生物学、分子生物学、蛋白质组学、药理药效学和形态学等六大模块组成的科研平台。
